Die Grundlagen für das heutige Iaido wurden in der Edo-Zeit (1603 - 1868) gelegt. Nach einem halben Jahrhundert voller Kriege herrschte in dieser Zeit unter dem Tokugawa-Shogunat eine Zeit des relativen Friedens. Dadurch verlor der Schwertkampf der Samurai an seiner ursprünglichen Bedeutung. Zur Edo-Zeit blühte die Kultur in Japan auf. Dadurch  fand immer mehr eine Aufnahme von spirituellem Gedankengut wie Taoismus und Zen-Buddhismus in den Schwertkampf statt.

Der Geschichte nach, hat Hayashizaki Jinsuke Shigenobu (1546 - 1621) eine effektive Schwerttechnik gesucht und entwickelt, um den Mörder seines Vaters mit nur einem Schwertstreich niederstrecken zu können. Später soll sich ihm die wahre Natur des Schwertkampfes während seiner Meditationen eröffnet haben. Damit gilt er als Begründer des Iaijutsu und ist damit auch Wegbereiter des Iaido.

Während der Meiji-Restauration wurde das öffentliche Tragen von Schwertern verboten. Die Schwertkampfkunst kam daraufhin zum erliegen. Erst durch das Engagement von Personen wie Nakayama Hakudo Hanshi (1873 - 1958) kam es zu einem Wiederaufleben der traditionellen Schwertkunst. Er vereinigte mehrere historische Schulen unter den Namen Muso Shinden Ryu (Traum-Geist-Überlieferung-Schule).

Im Deutschen Iaido-Bund, also auch in Würzburg, wird als Grundlage das Iai des Zen Nihon Kendo Renmai (Alljapanischer Kendoverband, ZNKR), auch Setei-Iai vermittelt. Diese aus zwölf Formen bestehende Grundschule ist 1968 geschaffen worden. In ihr finden sich Techniken vieler historischer Schwertkampfstile wieder. Daneben werden auch Formen der traditionellen Schulen gelehrt.